一、大學(xué)內(nèi)部治理結(jié)構(gòu)中的法理基礎(chǔ)
　　
　　大學(xué)內(nèi)部治理中的法理依據(jù)有教育法律法規(guī)、教育行政規(guī)章和其他規(guī)范性文件以及大學(xué)章程。在具體的實(shí)施過(guò)程中，又須契合一定的法理原則。
　　1.合憲性原則
　　憲法是我國(guó)的根本大法，任何法律都不得與憲法相沖突。在教育法中，涉及與憲法相違背的法律法規(guī)都屬于無(wú)效法律。而依據(jù)這種無(wú)效法規(guī)實(shí)施的行政行為也屬無(wú)效行為。
　　2.法律優(yōu)先與法律保留原則
　　法律優(yōu)先原則是指行政行為應(yīng)受現(xiàn)存法律的約束，行政機(jī)關(guān)不能違反現(xiàn)存法律，不能采取與法律相抵觸的抽象行政行為與具體行政行為。法律保留原則是指關(guān)于公民基本權(quán)利的限制等專(zhuān)屬立法事項(xiàng)，必須由立法機(jī)關(guān)通過(guò)法律規(guī)定，行政機(jī)關(guān)不得代為規(guī)定，行政機(jī)關(guān)實(shí)施行政行為必須有法律授權(quán)。依此原則可避免一些法律適用中的從嚴(yán)行為。
　　3.程序合法原則
　　程序合法顧名思義是指法律運(yùn)行中要嚴(yán)格按照法定程序進(jìn)行。這種對(duì)于法律過(guò)程的關(guān)注在我國(guó)法律體系中沒(méi)有得到應(yīng)有的重視。我國(guó)對(duì)程序的要求是典型的形式主義和法條主義原則，與西方將行政行為必須堅(jiān)守正當(dāng)程序的要求普遍化為基本的法律原則是不同的。
　　4.權(quán)利義務(wù)對(duì)等原則
　　在法律規(guī)定的權(quán)利義務(wù)是互為條件的，即一方以另一方的存在為條件，且數(shù)量大致相當(dāng)，結(jié)構(gòu)互補(bǔ)方可構(gòu)成一部法律。義務(wù)多而權(quán)利少或義務(wù)少權(quán)利多都會(huì)致使權(quán)力越位或權(quán)利受侵犯。
　　
　　二、大學(xué)內(nèi)部治理中的有關(guān)法律問(wèn)題
　　
　　大學(xué)內(nèi)部治理結(jié)構(gòu)中主要存在著領(lǐng)導(dǎo)權(quán)與行政權(quán)的矛盾、學(xué)術(shù)權(quán)力與行政權(quán)力的兩難困境、高校與師生之間的法律糾紛等問(wèn)題。
　　1.高校內(nèi)部領(lǐng)導(dǎo)體制
　　1998年我國(guó)《高等教育法》確立了“黨委領(lǐng)導(dǎo)下的校長(zhǎng)負(fù)責(zé)制”，其中規(guī)定了“高等學(xué)校的校長(zhǎng)全面負(fù)責(zé)本學(xué)校的教學(xué)、科學(xué)研究和其他行政管理工作”。而第四章三十九條規(guī)定“中國(guó)共產(chǎn)黨高等學(xué)?；鶎游瘑T會(huì)按照中國(guó)共產(chǎn)黨章程和有關(guān)規(guī)定，統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)學(xué)校工作，支持校長(zhǎng)獨(dú)立負(fù)責(zé)地行使職權(quán)”。這就使得黨委的“統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)”和校長(zhǎng)的“全面負(fù)責(zé)”經(jīng)常會(huì)在實(shí)際工作中處于一種平行狀態(tài)。出現(xiàn)了“兩個(gè)一把手”現(xiàn)象，這也是我國(guó)大學(xué)治理中的癥結(jié)所在。
　　在我國(guó)大學(xué)中決策與行政事實(shí)上是混淆不清的，如《高等教育法》第三十九條規(guī)定黨委有決策的權(quán)力，而《高等教育法》第四十一條第一款和第五款又明確校長(zhǎng)也有決策的權(quán)力，而校長(zhǎng)屬于行政機(jī)構(gòu)。顯然，在我國(guó)，決策與管理的內(nèi)涵是混為一談的，決策機(jī)構(gòu)是不明晰的。大學(xué)的決策權(quán)力不但要在大學(xué)內(nèi)部各個(gè)組群之間分配，而且要在校外更多的利益群體間進(jìn)行分配。要充分吸收校外各界人士參與高校決策，實(shí)現(xiàn)大學(xué)管理民主化與治理的多元化。
　　我國(guó)學(xué)者王鵬認(rèn)為，公辦大學(xué)的行為治理形式與規(guī)范治理形式無(wú)實(shí)質(zhì)差別，呈現(xiàn)出“政治內(nèi)部人”控制的特點(diǎn)，其外在表現(xiàn)形式是組織的公益性弱，而尋求政治合法性強(qiáng)。因此可把我國(guó)公辦大學(xué)的內(nèi)部治理形式歸納為“內(nèi)部人控制的事業(yè)單位模式”。決策權(quán)與行政權(quán)的博弈亟待法律細(xì)則的完善。
　　2.校長(zhǎng)遴選制
　　我國(guó)《高等教育法》第四十條規(guī)定：高等學(xué)校的校長(zhǎng)，由符合教育法規(guī)定的任職條件的公民擔(dān)任；高等學(xué)校的校長(zhǎng)、副校長(zhǎng)按照國(guó)家有關(guān)規(guī)定任免。具體的選拔程序與標(biāo)準(zhǔn)則套用黨政干部領(lǐng)導(dǎo)選拔的規(guī)定進(jìn)行。顯然，校長(zhǎng)遴選依舊沿襲政治體制中的一套規(guī)則和程序。這種自上而下的校長(zhǎng)產(chǎn)生辦法極易導(dǎo)致尋租和權(quán)力失衡，校長(zhǎng)只對(duì)上級(jí)負(fù)責(zé)而忽視教師和學(xué)生的利益。而校長(zhǎng)作為大學(xué)這一學(xué)術(shù)組織的關(guān)鍵人物，代表著大學(xué)的理念、價(jià)值取向和學(xué)科傾向，其教育領(lǐng)導(dǎo)作用通過(guò)投票數(shù)量是很難衡量的。
　　3.學(xué)術(shù)權(quán)力與行政權(quán)力
　　學(xué)術(shù)權(quán)力與行政權(quán)力已經(jīng)是探討大學(xué)治理不可回避的話題。學(xué)術(shù)權(quán)力通常被認(rèn)為是具有學(xué)術(shù)人員或?qū)W術(shù)組織享有的權(quán)能。學(xué)術(shù)權(quán)力植根于高深學(xué)問(wèn)，其合法性源于專(zhuān)家學(xué)者的學(xué)術(shù)水平和學(xué)術(shù)能力。行政權(quán)力是大學(xué)行政機(jī)構(gòu)及行政人員依據(jù)國(guó)家法律、政府政策、學(xué)校規(guī)則的授權(quán)而擁有的影響和支配內(nèi)部成員和機(jī)構(gòu)的一種權(quán)力形式。行政權(quán)力植根于層級(jí)組織，其合法性在于法律的明確授權(quán)和組織的正式任命。
　　目前對(duì)于行政權(quán)力壓制學(xué)術(shù)權(quán)力的筆伐越來(lái)越多，實(shí)則是對(duì)學(xué)術(shù)權(quán)利的伸張，而學(xué)術(shù)權(quán)力實(shí)質(zhì)上是大學(xué)的自治性行政權(quán)力。而行政權(quán)力包括政府委托的公共行政權(quán)力和政府授予的自治性行政權(quán)力。大學(xué)行政權(quán)力與學(xué)術(shù)權(quán)力的矛盾主要表現(xiàn)為國(guó)家行政權(quán)與自治行政權(quán)的沖突，以及學(xué)術(shù)權(quán)力與學(xué)術(shù)權(quán)利的沖突。
　　4.高校與學(xué)生
　　學(xué)校既要保護(hù)學(xué)生的受教育權(quán)，又要予以限制。這表現(xiàn)在入學(xué)時(shí)對(duì)于學(xué)生的能力、品德等方面的審核、評(píng)價(jià)，在我國(guó)大學(xué)本科階段主要以高考制度來(lái)實(shí)施，對(duì)達(dá)到畢業(yè)要求和能力要求的學(xué)生頒發(fā)畢業(yè)證書(shū)和學(xué)位證書(shū)。而因招生設(shè)置、錄取通知書(shū)的發(fā)放、學(xué)位論文的審核及學(xué)生作弊引起的一系列問(wèn)題甚至訴訟，都表明高校與學(xué)生的法律關(guān)系還不明晰，侵權(quán)事件時(shí)有發(fā)生。如對(duì)在四六級(jí)考試中作弊的學(xué)生或者在校期間懷孕的學(xué)生直接取消學(xué)籍這一行為，顯然處分過(guò)于嚴(yán)重，剝奪了學(xué)生的受教育權(quán)，在沒(méi)有給其警告、改過(guò)機(jī)會(huì)的前提下直接“從嚴(yán)”處置。其所依地方行政規(guī)章制定的大學(xué)內(nèi)部規(guī)定是有違憲法的，是無(wú)效的抽象行為。